Ayala a disputé 115 matches pour la sélection nationale d'Argentine, réussissant sept buts entre 1994 et 2007, l'année où il avait marqué un but contre son camp en finale de la Copa America face au Brésil.
Médaillé d'or aux jeux Olympiques d'Athènes en 2004, Ayala avait débuté sa carrière de joueur à Ferro Carril Oeste en 1992, avant de signer à River Plate. En 1995, il entamait sa carrière européenne par un séjour à Naples, puis à l'AC Milan, avant d'aller en Espagne à Valence, où il était considéré comme le meilleur défenseur de tous les temps du club, et enfin à Saragosse.
Il a remporté un Championnat d'Italie avec l'AC Milan en 1999, et deux Liga avec Valence en 2002 et 2004.
Avec 115 sélections, Ayala est le deuxième joueur argentin le plus capé derrière les 137 capes de Javier Zanetti (Inter Milan/ITA).
Il jouait au Racing en Argentine en 2010.
