Francesco Bagnaia (Sky Racing Team VR46) a infligé un nouveau coup de massue sur la tête de Miguel Oliveira (Red Bull KTM Ajo). Constamment sur le podium depuis la manche tchèque, l'Italien s'est offert une nouvelle chance de creuser l'écart sur son premier poursuivant au championnat, qu'il devance de 28 points, en décrochant la pole position du Grand Prix du Japon.
Fabio Quartararo (MB Conveyors - Speed Up) a imité son compatriote Johann Zarco (Yamaha Tech3), auteur du deuxième temps en catégorie reine. Les deux Français n'avaient plus figuré en première ligne lors d'une même Grand Prix depuis la dernière épreuve malaisienne, il y a près d'un an. Le Niçois n'a concédé que 0"165 à Bagnaia, qui a fixé la référence à 1'50"759.
Pour la première fois de sa carrière et alors qu'il n'avait jamais intégré le Top 10 en qualification, Iker Lecuona (Swiss Innovative Investors - KTM) a complété la première ligne, à 0"231. La deuxième est occupée par trois habituels outsiders, avec Marcel Schrotter (Dynavolt Intact GP) devant Lorenzo Baldassarri (Pons HP40) et Alex Marquez (EG 0,0 Marc VDS). Neuvième à plus d'une demi-seconde, Oliveira s'est condamné à une nouvelle remontée s'il ne veut pas définitivement laisser échapper le titre.